| Titre : |
Analyse in silico des SNP non synonymes et SNP 3’UTR de gène LRP5 impliqués dans l’ostéoporose |
| Type de document : |
texte imprimé |
| Auteurs : |
CHEURFI Douaa, Auteur |
| Année de publication : |
2024/2025 |
| Importance : |
54p. |
| Présentation : |
ill. |
| Format : |
30 cm. |
| Accompagnement : |
CD. |
| Langues : |
Français (fre) |
| Tags : |
Ostéoporose analyse in silico LRP5 SNP Wnt/β-caténine miRNA. |
| Résumé : |
L’ostéoporose est une maladie systémique du squelette caractérisée par une diminution de la densité minérale osseuse. Le gène LRP5, corécepteur clé de la voie Wnt/β-caténine, joue un rôle central dans la régulation du métabolisme osseux. L’objectif de ce travail était d’identifier, par des analyses in silico, les variants du gène LRP5 les plus susceptibles d’avoir un impact pathogène, en se concentrant sur les SNP non synonymes (nsSNPs) et ceux localisés dans la région 3′UTR. L’analyse bioinformatique a permis d’identifier 64 477 SNPs dans LRP5, dont 1 687 nsSNPs et 86 variants dans la région 3′UTR. Un criblage fonctionnel à l’aide de plusieurs outils prédictifs (SIFT, PolyPhen-2, CADD, MetaLR, Mutation Assessor) a permis de sélectionner 55 nsSNPs potentiellement délétères, dont 24 ont été confirmés comme pathogènes par l’outil de métaprédiction Meta-SNP. L’évaluation structurale et fonctionnelle (MutPred2) a mis en évidence des variants majeurs (D69Y, D116N, W167S, C1238G/F) susceptibles d’altérer la stabilité, la structure ou la fonction de LRP5, notamment en perturbant les domaines β-propeller et EGF-like essentiels à la reconnaissance des ligands Wnt et à la transmission du signal. L’analyse de la stabilité protéique (mCSM, DUET, DynaMut2) a montré que la majorité des variants délétères induisent une déstabilisation importante de la protéine. L’étude de la conservation évolutive (ConSurf) a révélé que 34 variants touchent des résidus hautement conservés, soulignant leur importance structurale ou fonctionnelle. L’exploration des réseaux d’interactions gène-gène et protéine-protéine a confirmé la centralité de LRP5 dans la régulation de la voie Wnt/β-caténine. Enfin, l’analyse des SNPs de la région 3′UTR a permis d’identifier plusieurs variants susceptibles de perturber les sites de liaison de microARNs (miRNAs), notamment pour miR-340- 5p, miR-605-5p, miR-524-5p et miR-4688-3p, ce qui pourrait affecter la régulation posttranscriptionnelle de LRP5 et contribuer à la variabilité phénotypique de l’ostéoporose. En conclusion, cette étude in silico met en évidence de nouveaux variants du gène LRP5 à fort potentiel pathogène, susceptibles de compromettre la structure, la fonction ou la régulation de la protéine. Ces résultats fournissent une hiérarchisation rationnelle des variants à |
| Encadreur : |
ADDA NEGGAZ Leila |
| Examinateur : |
MESSAL A |
Analyse in silico des SNP non synonymes et SNP 3’UTR de gène LRP5 impliqués dans l’ostéoporose [texte imprimé] / CHEURFI Douaa, Auteur . - 2024/2025 . - 54p. : ill. ; 30 cm. + CD. Langues : Français ( fre)
| Tags : |
Ostéoporose analyse in silico LRP5 SNP Wnt/β-caténine miRNA. |
| Résumé : |
L’ostéoporose est une maladie systémique du squelette caractérisée par une diminution de la densité minérale osseuse. Le gène LRP5, corécepteur clé de la voie Wnt/β-caténine, joue un rôle central dans la régulation du métabolisme osseux. L’objectif de ce travail était d’identifier, par des analyses in silico, les variants du gène LRP5 les plus susceptibles d’avoir un impact pathogène, en se concentrant sur les SNP non synonymes (nsSNPs) et ceux localisés dans la région 3′UTR. L’analyse bioinformatique a permis d’identifier 64 477 SNPs dans LRP5, dont 1 687 nsSNPs et 86 variants dans la région 3′UTR. Un criblage fonctionnel à l’aide de plusieurs outils prédictifs (SIFT, PolyPhen-2, CADD, MetaLR, Mutation Assessor) a permis de sélectionner 55 nsSNPs potentiellement délétères, dont 24 ont été confirmés comme pathogènes par l’outil de métaprédiction Meta-SNP. L’évaluation structurale et fonctionnelle (MutPred2) a mis en évidence des variants majeurs (D69Y, D116N, W167S, C1238G/F) susceptibles d’altérer la stabilité, la structure ou la fonction de LRP5, notamment en perturbant les domaines β-propeller et EGF-like essentiels à la reconnaissance des ligands Wnt et à la transmission du signal. L’analyse de la stabilité protéique (mCSM, DUET, DynaMut2) a montré que la majorité des variants délétères induisent une déstabilisation importante de la protéine. L’étude de la conservation évolutive (ConSurf) a révélé que 34 variants touchent des résidus hautement conservés, soulignant leur importance structurale ou fonctionnelle. L’exploration des réseaux d’interactions gène-gène et protéine-protéine a confirmé la centralité de LRP5 dans la régulation de la voie Wnt/β-caténine. Enfin, l’analyse des SNPs de la région 3′UTR a permis d’identifier plusieurs variants susceptibles de perturber les sites de liaison de microARNs (miRNAs), notamment pour miR-340- 5p, miR-605-5p, miR-524-5p et miR-4688-3p, ce qui pourrait affecter la régulation posttranscriptionnelle de LRP5 et contribuer à la variabilité phénotypique de l’ostéoporose. En conclusion, cette étude in silico met en évidence de nouveaux variants du gène LRP5 à fort potentiel pathogène, susceptibles de compromettre la structure, la fonction ou la régulation de la protéine. Ces résultats fournissent une hiérarchisation rationnelle des variants à |
| Encadreur : |
ADDA NEGGAZ Leila |
| Examinateur : |
MESSAL A |
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